概念、方案设计阶段是医疗工艺设计中最为重要，也是最为复杂的阶段，在此阶段需要由医疗工艺设计单位完成《医疗工艺流程平面图》，或者由医疗工艺设计单位和建筑设计单位来共同完成。医疗工艺设计单位的成果，有相当一部分要由图纸来完成。这样才能在建筑设计单位的初设阶段不花费大量时间去调整建筑布局，甚至去面对由于方案阶段的不合理而留下的遗憾。
医院建筑设计主要需达到以下三个主要目标：
1.完成一级流程设计，确定主要出入口与建筑内部、建筑体与建筑体之间的关系。
2.完成二级流程设计，确定主要功能区的面积与建筑形态，确定功能区的工艺流程。
3.完成三级流程设计，确定房间内的工艺布局。
特别注意的是，业内通行的做法是在建筑方案设计阶段只做到二级流程，有的在建筑初步设计、施工图设计阶段也不做三级流程，三级流程的很多内容交由装修设计单位完成。不在建筑方案设计阶段完成三级流程，的确有很多因素是由设计时间和设计费用决定的。但客观上，在后期再完善三级流程，一定会增加设计成本和时间成本。如果到装修阶段再考虑，还会发生不必要的拆改费用。
