无菌实验室建成投入使用后，为了保证实验的稳步进行，维护实验室的良好秩序，需要对实验室进行规范化和制度化的管理。
1 日常管理
实验室指定人员进行管理，主要负责实验室的全面控制和操作人员的培训，并准确记录使用情况。所有进入无菌实验室的人员必须经过培训，明确使用方法和注意事项，严格按照要求穿着工作服。同时，管理员需要每天严格记录实验室内的仪器和药品，并对实验室内的温度、湿度、风机等数据进行准确的监测。
2 洁净管理
清洁管理主要是无菌实验室的无菌状态。
（1）人员清洁管理。首先，进入无菌实验室的操作人员必须在更衣室内穿戴无菌清洁衣物、无菌口罩、无菌手套等，并在缓冲室进行消毒。其次，在交替进入培养室和无菌室的过程中，还应对操作者进行缓冲消毒，以防止交叉传播，影响实验进行。
（2）物料清洁管理。走廊与文化室、文化室、无菌室之间设有带消毒装置的传递窗。其主要目的是方便不同地区的实验室人员运送物品，而消毒装置的目的是确保物品在传送过程中能被排毒和清洁。
（3）操作要求
使用无菌实验室的操作人员必须严格按照实验室操作要求进行实验。无菌实验室必须首先满足无菌实验的使用条件。使用者必须服从管理人员的指挥，保证生命安全和实验的准确进行。试验后的废弃物应及时处理到指定地点，并清理试验场地和设备。后期，要确保房间清洁，安排专人每天进行清洁消毒，确保无尘，减少污染。
